<div dir="ltr">So, when I forced the matter by setting <br><span style="font-family:courier new,monospace"><br>LD_LIBRARY_PATH=/bgsys/drivers/toolchain/</span><span style="font-family:courier new,monospace">V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.</span><span style="font-family:courier new,monospace">7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/:/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/lib/ <br>

</span><br>in my execution, it was successful. I'm not sure whether that should have worked automatically or not.<span style="font-family:courier new,monospace"><br></span></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">

On Thu, May 8, 2014 at 7:21 PM, Hal Finkel <span dir="ltr"><<a href="mailto:hfinkel@anl.gov" target="_blank">hfinkel@anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div class="HOEnZb"><div class="h5">----- Original Message -----<br>
> From: "Phil Miller" <<a href="mailto:mille121@illinois.edu">mille121@illinois.edu</a>><br>
> To: <a href="mailto:llvm-bgq-discuss@lists.alcf.anl.gov">llvm-bgq-discuss@lists.alcf.anl.gov</a><br>
> Sent: Thursday, May 8, 2014 1:53:10 PM<br>
> Subject: [Llvm-bgq-discuss] Dynamic linking failure<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> I've compiled my application using bgclang/bgclang++ on Vesta, and<br>
> the process goes smoothly. When I use a static linked build of the<br>
> system, it runs cleanly.<br>
><br>
> I want to try out Address Sanitizer (aka 'asan', activated with<br>
> '-fsanitize=address'), which requires dynamic linking. Sadly, that<br>
> lets me compile and link, but fails to run. Here's what I'm seeing,<br>
> again on Vesta:<br>
><br>
> ===============<br>
> $ file check<br>
> check: ELF 64-bit MSB executable, 64-bit PowerPC or cisco 7500,<br>
> version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for<br>
> GNU/Linux 2.4.21, not stripped<br>
><br>
> $ echo $LD_LIBRARY_PATH | tr : '\n'<br>
> /bgsys/drivers/ppcfloor/comm/lib<br>
> /bgsys/drivers/ppcfloor/comm/gcc/lib<br>
> /soft/compilers/ibmcmp-feb2014/vac/bg/12.1/bglib64<br>
> /soft/compilers/ibmcmp-feb2014/vacpp/bg/12.1/bglib64<br>
> /soft/compilers/ibmcmp-feb2014/xlf/bg/14.1/bglib64<br>
> /soft/compilers/ibmcmp-feb2014/xlmass/bg/7.3/bglib64<br>
> /soft/compilers/ibmcmp-feb2014/xlsmp/bg/3.1/bglib64<br>
> /dbhome/db2cat/sqllib/lib64<br>
> /dbhome/db2cat/sqllib/lib32<br>
><br>
> $ ldd check<br>
> linux-vdso64.so.1 => (0x00000fff9ae40000)<br>
> libdl.so.2 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/libdl.so.2<br>
> (0x00000fff9ad20000)<br>
> libpami-gcc.so => /bgsys/drivers/ppcfloor/comm/lib/libpami-gcc.so<br>
> (0x00000fff9a7b0000)<br>
> libpthread.so.0 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/libpthread.so.0<br>
> (0x00000fff9a690000)<br>
> librt.so.1 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/librt.so.1<br>
> (0x00000fff9a560000)<br>
> libm.so.6 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/libm.so.6<br>
> (0x00000fff9a440000)<br>
> libstdc++.so.6 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/libstdc++.so.6<br>
> (0x00000fff9a210000)<br>
> libgcc_s.so.1 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/libgcc_s.so.1<br>
> (0x00000fff9a100000)<br>
> libc.so.6 =><br>
> /bgsys/drivers/toolchain/V1R2M1_base_4.7.2/gnu-linux-4.7.2/powerpc64-bgq-linux/lib/libc.so.6<br>
> (0x00000fff99ed0000)<br>
> /lib64/ld64.so.1 (0x000000003cc80000)<br>
><br>
> $ qsub -t 10 -A PARTS -n 1 --mode c1 ./check<br>
> 190745<br>
><br>
> $ cat 190745.error<br>
> 2014-05-08 18:45:16.828 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> 27642:tatu.runjob.client: scheduler job id is 190745<br>
> 2014-05-08 18:45:16.829 (DEBUG) [0x40000a3bc20]<br>
> 27642:tatu.runjob.client: the environment variable COBALT_RESID did<br>
> not contain a Cobalt reservation id<br>
> 2014-05-08 18:45:16.844 (INFO ) [0x400004034d0]<br>
> 27642:tatu.runjob.monitor: monitor started<br>
> 2014-05-08 18:45:16.855 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> 27642:ibm.runjob.AbstractOptions: using properties file<br>
> /bgsys/local/etc/bg.properties<br>
> 2014-05-08 18:45:16.856 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> 27642:ibm.runjob.AbstractOptions: max open file descriptors: 65536<br>
> 2014-05-08 18:45:16.856 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> 27642:ibm.runjob.AbstractOptions: core file limit:<br>
> 18446744073709551615<br>
> 2014-05-08 18:45:16.977 (INFO ) [0x400004034d0]<br>
> 27642:tatu.runjob.monitor: task record 645048 created<br>
> 2014-05-08 18:45:16.978 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> VST-20420-31531-32:27642:ibm.runjob.client.options.Parser: set local<br>
> socket to runjob_mux from properties file<br>
> 2014-05-08 18:45:17.782 (INFO ) [0x400004034d0]<br>
> 27642:tatu.runjob.monitor: tracklib completed<br>
> 2014-05-08 18:45:19.162 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> VST-20420-31531-32:848093:ibm.runjob.client.Job: job 848093 started<br>
> /gpfs/vesta-home/phil/charm-6.6/pamilrts-bluegeneq-asan-clang/tests/util/./check:<br>
> error while loading shared libraries: libpami-gcc.so: cannot open<br>
> shared object file: No such file or directory<br>
> 2014-05-08 18:45:20.952 (INFO ) [0x40000a3bc20]<br>
> VST-20420-31531-32:848093:ibm.runjob.client.Job: exited with status<br>
> 127<br>
> 2014-05-08 18:45:20.952 (WARN ) [0x40000a3bc20]<br>
> VST-20420-31531-32:848093:ibm.runjob.client.Job: normal termination<br>
> with status 127 from rank 0<br>
> 2014-05-08 18:45:20.952 (INFO ) [0x40000a3bc20] tatu.runjob.client:<br>
> task exited with status 127<br>
> 2014-05-08 18:45:20.952 (INFO ) [0x400004034d0]<br>
> 27642:tatu.runjob.monitor: monitor terminating<br>
> 2014-05-08 18:45:20.956 (INFO ) [0x40000a3bc20] tatu.runjob.client:<br>
> monitor completed<br>
> =========<br>
><br>
> Have a missed a step in running dynamically linked binaries on BG/Q?<br>
<br>
</div></div>No, I don't think so. I see no reason why this should not work. Can you e-mail support about this?<br>
<br>
 -Hal<br>
<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> llvm-bgq-discuss mailing list<br>
> <a href="mailto:llvm-bgq-discuss@lists.alcf.anl.gov">llvm-bgq-discuss@lists.alcf.anl.gov</a><br>
> <a href="https://lists.alcf.anl.gov/mailman/listinfo/llvm-bgq-discuss" target="_blank">https://lists.alcf.anl.gov/mailman/listinfo/llvm-bgq-discuss</a><br>
><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Hal Finkel<br>
Assistant Computational Scientist<br>
Leadership Computing Facility<br>
Argonne National Laboratory<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>