<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I'm the GROMACS BG/Q maintainer. That diagnostic is from the memory allocation system, but we'd need a stack trace to speculate about whose issue it is. I have not tried to compile GROMACS 2018 branch against any bgclang. Running most of the test suite is awkward, but if you build the tests and run $builddir/bin/mdrun-mpi-tests with 1 and 2 ranks and the tests pass, then that would be excellent news.</div><div><br></div><div>The last time I got the tests to pass with bgclang was probably GROMACS version 5.1.5, but the issues I have seen since then do not resemble yours. And I'm pretty sure my access to vesta expired earlier this year.</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Jul 11, 2018 at 8:43 AM Jernej Zidar <<a href="mailto:jernej.zidar@gmail.com">jernej.zidar@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">i there,<br>
<br>
I've been trying to run the most recent version of Gromacs on a<br>
Bluegene/Q machine. This meant I had to install bgclang (opted for the<br>
stable release r284961) as a regular user, which was easier than<br>
expected following the instructions here:<br>
<a href="https://trac.alcf.anl.gov/projects/llvm-bgq" rel="noreferrer" target="_blank">https://trac.alcf.anl.gov/projects/llvm-bgq</a><br>
<br>
The I compiled my own cmake (3.4.1) and FFTW-3.3.6.<br>
<br>
I compiled the source like this:<br>
CMAKE_PREFIX_PATH=/home/ihpczidj/scratch/toolkit/fftw-3.3.6-gcc:/home/ihpczidj/scratch/toolkit/zlib-1.2.11-gcc/lib<br>
\<br>
cmake ../gromacs-2018.2 \<br>
-DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=Platform/BlueGeneQ-static-bgclang-CXX<br>
-DCMAKE_C_COMPILER=/home/ihpczidj/scratch/bgclang/mpi/bgclang/bin/mpicc<br>
-DCMAKE_CXX_COMPILER=/home/ihpczidj/scratch/bgclang/mpi/bgclang/bin/mpicxx<br>
-DGMX_MPI=ON -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF<br>
-DGMX_BINARY_SUFFIX=-mpi-2018.2-bgq-bgclang<br>
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/ihpczidj/scratch/toolkit/ -DGMX_GPU=OFF<br>
make<br>
make install<br>
<br>
There were no errors when compiling but when I try to run a short job<br>
I would get this error:<br>
mdrun-mpi-2018.2-bgq-bgclang: malloc.c:2357: sysmalloc: Assertion<br>
`(old_top == (((mbinptr) (((char *) &((av)->bins[((1) - 1) * 2])) -<br>
__builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd)))) && old_size == 0) ||<br>
((unsigned long) (old_size) >= (unsigned long)((((__builtin_offsetof<br>
(struct malloc_chunk, fd_nextsize))+((4 * (sizeof(size_t))) - 1)) &<br>
~((4 * (sizeof(size_t))) - 1))) && ((old_top)->size & 0x1) &&<br>
((unsigned long)old_end & pagemask) == 0)' failed.<br>
<br>
The above message would be repeated many times and followed by this:<br>
*** Error in `/scratch/home/ihpc/ihpczidj/scratch/mem-bench/./mdrun-mpi-2018.2-bgq-bgclang':<br>
malloc(): memory corruption: 0x0000001f80846c00 ***<br>
<br>
What could be causing this error? Is it the compiler, Gromacs itself<br>
or even my job file (currently: srun ./mdrun-mpi-2018.2-bgq-bgclang ... )?<br>
<br>
Many thanks in advance,<br>
Jernej<br>
_______________________________________________<br>
llvm-bgq-discuss mailing list<br>
<a href="mailto:llvm-bgq-discuss@lists.alcf.anl.gov" target="_blank">llvm-bgq-discuss@lists.alcf.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.alcf.anl.gov/mailman/listinfo/llvm-bgq-discuss" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.alcf.anl.gov/mailman/listinfo/llvm-bgq-discuss</a><br>
</blockquote></div>